Trong khi chiến đấu với kẻ thù ở Thành phố Ninjago và xa hơn thế, các ninja bắt tay thực hiện nhiệm vụ mới, tìm thấy đồng minh mới và tình bạn của họ cũng được thử thách.

Những ác nhân mới đang chờ đón khi các ninja lặn xuống đáy biển sâu để khám phá bí ẩn về sức mạnh của Nya và mối liên hệ với một sinh vật thần thoại cổ xưa.